《指挥官基恩9：头脑之战》是一个由粉丝制作的游戏，也被称为《指挥官基恩9》。这是一个非官方的游戏，是由Ceilick、Mink和Tulip主导制作的，并由Levellass和Lemm进行了大量的补丁工作。这个游戏是“宇宙即将毁灭”三部曲的第三部分，前两部分分别是《沙漠之死》和《克罗达西亚的钥匙》。游戏于2011年2月发布。
游戏的故事紧接着《沙漠之死》的结尾展开。在逃离卡利顿星并与朋友们在“培根火箭”上团聚后，指挥官基恩得知他的宿敌Mortimer McMire计划摧毁一颗巨大的恒星，从而烧毁整个宇宙。基恩还发现Mortimer拥有一个空间站，其中包含多个可以传送到遥远星球和地点的传送器。为了阻止Mortimer的阴谋，基恩必须前往四个不同的星球，激活控制装置，以解锁通往最终传送器的大门。
游戏中增加了许多新的生物和改良的敌人，包括机器人红、克罗达西亚无人机和闪电星等。玩家可以收集各种物品如神经震荡器、宝石和能量球来帮助完成任务。每个关卡都有独特的音乐背景，由Mr. M和其他作曲家创作，增加了游戏的沉浸感。
《指挥官基恩9：头脑之战》在游戏玩法和视觉风格上延续了系列的一贯特色，既有经典的横向卷轴平台设计，也有丰富的关卡和谜题供玩家挑战。这个粉丝制作的版本不仅忠实于原作，还增加了许多创新元素，深受DOS游戏爱好者的喜爱。
