《特种部队2：亚特兰蒂斯之谜》震撼来袭！在上次战役中，G.I. Joe彻底摧毁了眼镜蛇部队的老巢。然而邪恶势力卷土重来，他们破解了失落的亚特兰蒂斯文明之谜，成功唤醒了沉睡海底的远古力量。如今，整座神秘古城正从深渊中崛起，眼镜蛇部队正在集结毁灭性的新武器，世界再次面临空前危机！正义与邪恶的终极对决即将上演，谁能阻止这场灭世阴谋？
邪恶反派眼镜蛇（Cobra）与特种部队（G.I. Joe）的上一次交锋以眼镜蛇基地被摧毁告终（如《特种部队：真正的美国英雄》中所述）。但这一次，眼镜蛇已经揭开了亚特兰蒂斯的秘密。他利用一种古老的能量源，成功地将亚特兰蒂斯从海底唤醒，并正在重建他的军队，企图毁灭世界。拯救世界的重任再次落在了鹰将军（General Hawk）和他的战友们身上，他们都是特种部队的成员。
《特种部队2：亚特兰蒂斯之谜》（G.I. Joe: The Atlantis Factor）是一款横版卷轴平台游戏，玩家的目标是操控鹰将军和/或他的战友们完成一系列任务，最终抵达眼镜蛇的总部。游戏共有22个关卡（外加一些捷径），共有3条路线可供选择，这些路线会在关键节点分岔和汇合，玩家也可以返回之前的路线，选择新的路线。关卡类型多样，从简单的“到达终点”到迷宫，再到“寻找特定物品”等，偶尔还会出现一些Boss战。
游戏开始时，玩家扮演主角鹰将军，随着关卡的推进，可以解锁新的角色。这些新角色各有优缺点（例如跳跃高度和生命值），以及特殊能力。每个新关卡开始时，玩家都可以选择新角色。这些角色包括：鹰将军（主角）、潜水员（可以潜水）、风暴阴影（近战）、路障（狭窄但难度极高）、公爵（可以向任意方向射击）和蛇眼（近战）。此外，还有一些非玩家角色，可以在完成特定关卡后协助玩家选择的角色，例如：跟踪者（线人）、大熊（战斗中治疗）、幽灵（战斗外治疗）和枪手（弹药不足时提供弹药）。
玩家初始拥有两把武器，完成特定任务后还可以收集另外三把武器。这些武器分别是：拳击剑（风暴阴影和蛇眼的武器）、机枪（初始武器）、脉冲步枪、激光步枪和火箭筒。任何角色拾取武器后均可使用。每种武器有 4 个不同的威力等级，可通过拾取敌人掉落的“能量”道具或完成特定关卡获得。每个角色必须单独升级武器。
游戏支持使用字母/数字组合的网格密码保存。
游戏截图
