年轻的迈克·琼斯收到了来自亚龙人公主米卡的心灵感应信息。米卡是他在前作中救下的公主。她告诉迈克如何破解他和叔叔J博士在亚龙人太空舱上发现的密码。这位考古学家和他的侄子大声朗读了破解后的信息，迈克因此被传送到了石器时代。在帮助当地土著居民的过程中，迈克发现了一个奇怪的物体，米卡称之为“四元体”。这些四元体散落在不同的时代，迈克必须找到它们才能帮助亚龙人。然而，一个不愉快的意外正等待着这位英雄：反派佐达似乎与著名侦探夏洛克·福尔摩斯生活在同一时代，并且也在寻找四元体……
与前作一样，《热带之星2：佐达的复仇(Zoda’s Revenge: Star Tropics II)》融合了动作导向的战斗和轻度角色扮演元素。迈克将穿越到不同的时代，与形形色色的角色（其中一些是真实的历史人物）交流，解开谜团，并与普通敌人和强大的首领战斗。这次迈克拥有更丰富的武器库，包括斧头、匕首和武士刀。他还学会了一种名为“精神冲击波”的可升级远程魔法。与前作一样，迈克的生命值以心形单位衡量；与《塞尔达传说》系列游戏类似，生命值可以在游戏过程中提升。
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