在地球经历了无数冲突之后，和平终于到来，尽管只是暂时的。一群名为巴姆（Barm，出自动画《东照大魔神》）的外星种族，为了逃离濒临毁灭的母星，以难民的身份来到地球轨道。起初，地球联邦愿意接纳他们进入太空殖民地，但外交使团遭到暗杀，最终导致与外星人的战争爆发。与此同时，月球上的一个帝国宣布独立并向联邦发起进攻，而火星殖民地在遭到不明敌人的袭击后失踪。在地球上，地狱博士（魔神Z）的怪兽再次肆虐。联邦唯一的希望寄托在第十三独立大队隆德·贝尔（出自《逆袭的夏亚》）身上。然而，这支队伍的成员们并不知道是谁挑起了战争的种子。为了查明真相，他们团结起来，共同寻找答案。
这是《超级机器人大战》系列在Game Boy Advance平台上推出的首款游戏。画面方面，本作与经典系列作品，尤其是《F》和《F Final》系列，有很多相似之处。战斗中的机体没有战斗动画，采用Q版造型。游戏玩法方面，本作是一款经典的战术角色扮演游戏，融合了众多日本机器人系列作品。与系列前作不同的是，本作引入了忠诚系统：机体通过支援攻击或防御来协助其他机体，每次支援都能提升自身的攻击力或防御力。此外，盾牌等防御道具现在拥有独立的生命值条。
与《F》、《F Final》和《F Alpha》等其他《超级机器人大战》系列作品一样，玩家可以选择主角和机体类型。根据机体类型的选择以及玩家在游戏中做出的抉择，剧情会朝着不同的方向发展。在过场动画中，玩家可以自定义驾驶员技能并升级现有机体。
游戏截图
